Die Geschichte des Ortes geht lange zurück. Sie ist spannend und beeindruckend zugleich. Nicht ohne Grund gilt Mattsee als ein ganz besonderer Ort.

Mattsee in der Steinzeit

Die erste nachgewiesene Besiedlung von Mattsee geht bis in die Jung-Steinzeit zurück. Dies beweisen Fundstücke auf dem Schlossberg, rechts vom Kuschelhotel. Hügelgräber am Südhang des Buchberges weisen auf die Besiedlung von Illyrern hin – etwa um 600 v.Christus.

Auch Römer waren im 2. Jahrhundert rundum Mattsee sesshaft. Danach besiedelten Bajuwaren das Land. In der Weyerbucht findet man eine nachgebaute Bajuwarensiedlung. Um 770 gründete der Bayernherzog, Tassilo III. das Stift Mattsee, das älteste weltpriestliche Kollegiatstift Österreichs. Um 1200 wurde mit dem Bau eines Kornspeichers der Grund für das spätere Schloss, den Sitz des Pflegers, gelegt.

1398 wurden Schloss und Herrschaft an das Erzstift Salzburg verkauft. Die kirchliche Zugehörigkeit zum Bistum Passau blieb bis 1807. Durch diese lange Verknüpfung mit Passau erklären sich Farben und Symbole des Stiftswappens.

Das Wappen der Gemeinde ist: „Im roten Feld ein silberner, von einem aufrecht gestellten flammenden Schwert mit goldenem Griff belegter silberner Pfahl, der beiderseits von je einem auswärts gekehrten, silbernen Spießträger begleitet ist." In diesem Wappen erinnert das flammende Schwert als Attribut des heiligen Michael an das Collegiatstift zu Mattsee, das der Ursprung und ein bedeutendes Wahrzeichen des Ortes ist. Die Spießträger sind dem Wappen des Herren von Haunsperg entnommen, von denen sich ein Zweig in vergangenen Jahrhunderten "von Mattsee" nannte.

Mattsee lag lange im Spannungsfeld von vier Machtbereichen (Bayern, Bistum Passau, Salzburg und Österreich) und war wegen Grenzstreitigkeiten und Fehden wiederholt Angriffen und Zerstörungen ausgesetzt.
1558 erfuhr die Burg ihren größten Ausbau (Insel). Die Salzburger Landesfürsten Wolf Dietrich, Markus Sittikus und Paris Lodron hielten sich hier gelegentlich auf, um Jagden und Bootsfahrten zu unternehmen.

Die sehenswerte Stiftskirche geht bis ins 13. Jahrhundert zurück und wurde Anfang des 18. Jahrhunderts barockisiert und ihr 60 Meter hoher Turm bildet noch heute das weithin sichtbare Wahrzeichen des Ortes: der „Goliath des Mattiggaues" (1767 erbaut). Im Stiftsmuseum, in den Räumen der Propstei, sind einzigartige und kulturhistorisch interessante Exponate ausgestellt.

Am 9. Dezember 1807 trat der Reichsfürst und Bischof von Passau, Leopold Leonhard Raymund Graf von Thun und Hohenstein, einige bislang in seinem Wirkungsbereich, aber innerhalb der Salzburger Landesgrenzen liegende Gebiete - darunter Stift und Pfarre Mattsee - "frei" an das Erzbistum Salzburg ab. Über tausend Jahre hatten die Gebiete zur bayerischen Diözesen gehört.

1869-1870 wurden die ersten Seebadkabinen und das „Wallmannsbad" im Bereich der jetzigen Promenade erbaut. Dies war der Beginn des Sommertourismus für Mattsee. Dr. Heinrich Wallmann war mit dem Bau des ersten Seebades sozusagen der Begründer des Tourismus und wurde im „Seewirt" geboren. Eine Ehrentafel am Seewirt (Stammhaus) zeugt noch heute davon.

1928 wurde das heutige Strandbad eröffnet. Es ist heute eines der letzten erhaltenen Strandbäder und begeistert neben seinem Jugendstil-Flair und der wunderbaren Anlage mit Wasserrutsche und Beachvolleyballplätzen auch das junge Publikum.

Mattsee war Ende des 2. Weltkrieges Schauplatz einer interessanten Geschichte rundum die ungarische Königskrone „Stephanskrone". Die Krone wurde am Ende des Krieges von ungarischen Patrioten (Pfeilkreuzlern) unter Ferenc Szalasi aus Ungarn entführt um sie vor den Russen zu schützen. Szalasi wurde im „Seewirt" untergebracht und heiratete sogar in Mattsee. Die Pfeilkreuzler hatten die Stephanskrone, das Krönungsschwert, Zepter und Reichsapfel im Ort verteilt versteckt. Lange stand ein Denkmal am Unerseehügel (links vom Hotel), welcher Ort aber angeblich nie ein Versteck der Krone war – dieses wurde 2010 zum Schlossberg „übersiedelt". Der Brunnen vor dem Hotel wurde zum Jubiläum 2005 von Ungarn gespendet und stellt nochmals die Geschichte der Krone dar.

1976 wurde die, für den Ort so wichtige, Umfahrung durch den Wartstein fertiggestellt. Eine Beruhigung und Neugestaltung des Zentrums wurde mit der Erneuerung des Marktplatzes 1988 fertiggestellt. Zum Marktgemeinde-Jubiläum 2010 wurde dazu der Stiftsplatz mit renoviertem Brunnen und neuem Tassilo-Denkmal erneuert. Der Gründer des Stiftes sowie der imposante Kirchturm wurden damit wieder in den Mittelpunkt der Ortsgemeinschaft gerückt.